1769年秋，史威登堡回到瑞典，形势和他估计的差不多。他给贝尔写信（斯德哥尔摩，1769年10月30日），说朋友们都很高兴见到他，王储（即后来的古斯塔夫三世）还邀请他一同用膳，和一些议员及神职院的领袖也共进了晚餐，主教们对他都相当客气，只有一个除外。

虽然史威登堡不担心受到迫害，这并不表示他的思想不会遭到反对，也不保证他的人身安全不会受到侵害。史威登堡尚在国外的时候，哥德堡宗教委会员已就史威登堡学说正确与否的问题、传播新思想的权利问题以及宗教自由的原则问题爆发了激烈的争论。

史威登堡的著作原本只在懂拉丁文的学术界流传，后来随着罗森博士以瑞典文发表对《揭秘启示录》一书的评论，贝尔博士以瑞典文发表他的讲章，情况就截然不同了。新的宗教观念开始向大众流传。

1768年9月27日，彼得牧师敦促哥德堡宗教委员会采取严厉措施，禁止有违圣经和路德宗教义的书籍流通。10月12日，安德斯牧师恳请主教训示神职人员，指明史威登堡的著作当受到极力的反对。真的只是一些无咎的神学问题吗？或者其实是异端？如果是异端，教师们以错误的信仰原则教导人岂不是犯罪？

宗教委员会谨慎地指定贝尔为第一知情人，要求他提交一份报告。贝尔提交了报告，但已是来年二月的事了。他在报告中称，众所周知，史威登堡是一位贤德的公民，学识渊博，对圣经无比敬重。毫无疑问，对于这样一个人，他的宗教理念在经过全面审查之前，不应草率地加以谴责。

一个月后，因兰贝格主教已前往斯德哥尔摩参加国会，为首的埃克博牧师以更为强硬的口气高调宣布：“我不了解史威登堡顾问的信仰体系，也懒得去了解……但通过与作者谈话和对《揭秘启示录》的审视……我必须承认，他的学说在我看来是毒害信仰的异端，当受到最大程度的抵制。”

在史威登堡的论点中，特别让埃克博憎恶的是：圣经只有通过对应学才能领悟、神在本质上和位格上是一、唯信称义应该被否决、圣餐的饼和酒当按灵义解释，此外还有很多。他认为史威登堡的思想“与神的话及路德宗的教义背道而驰，尽是无法容忍的谬论，完全颠覆基督教信仰的根基，不仅分裂教会，且是最大的异端，方方面面当受反对。”他建议主教在即将到来的国会上将此事报告给神职院，以便采取必要的措施，阻止史威登堡学说的蔓延。

贝尔强烈反对宗教委员会在审查史威登堡教义体系之前作出判决，并建议将此事呈报国王，由国王决定如何采取下一步的措施。罗森也反对在史威登堡的著作经过全面研究之前采取草率的行动。

这正是1769年秋史威登堡回国时的情况。12月4日，兰贝格主教从斯德哥尔摩写信给哥德堡宗教委员会，称已将史威登堡的问题提交国家宗教大会，神职院很快将讨论这个问题。

在写给检察官奥勒尔的信中，主教称：“我将采取最严格的监督，免得癌症继续扩散。”奥勒尔则敦促菲莱纽斯不遗余力地攻击史威登堡的歪理邪说：“我请求你以最有力的措施抵制、绝罚、拔除史威登堡新奇而彻头彻尾的歪理邪说……以强悍的手腕驱逐糟蹋我们家园的野猪和恶兽。”

在哥德堡，埃克博则利用他的权力，威胁并谴责犯了错误的讲师，甚至要求革除他们的职位。罗森雄辩地指出，西班牙式的宗教裁判在瑞典是受到禁止的。贝尔最担心的是史威登堡恐怕会厄运临头。

史威登堡自己却不担心，甚至觉得这是好事。他在信中说：“这种骚动并无害处，其效果就像葡萄酒发酵，通过发酵，酒变得更加香醇。只有错误的东西显露出来，遭到弃绝，正确的东西才能得到显明和采纳……伦敦有两位可敬的朋友邀请我去英国，我正考虑明年春天是否成行…有主的天使告诉我，我在夜间可以高枕无忧；夜间正是指目前的形势。”（斯德哥尔摩，1769年12月28日）

1770年，有人匿名搜集和发表了史威登堡的思想和他与灵对话的一些奇闻趣事。德国和丹麦也出现了类似的选集，通常都包括斯德哥尔摩大火、大使的收据、女王的秘密等故事。

史威登堡越发成为争议的目标。当时喧嚣的情势通过霍肯普爵士的信可见一斑。在写给撒母耳教授的信中，爵士说：“我是特别捍卫和保护史威登堡免受迫害的人之一。”爵士担心史威登堡“无意间点燃了一场大火，这大火何时能够熄灭，只有神知道”。（1769年12月10日）

“史威登堡回来了，给瑞典燃起了一场大火”，格乔威尔在写给利登博士的信中如此描述。（斯德哥尔摩，1769年12月26日）利登回复说：“哥德堡的人简直疯了。有三位神学博士丧失了他们的理智和正统信仰，宣称自己是史威登堡主义者。”

利登觉得这事最好以平静的方式来处理：“我觉得最好不要提及当前不幸升级的有关史威登堡学说的争议。谁能与一个声称神亲自向他显现，他是照神的命令写作的人争论呢？他们为何老是给我们敲响警钟呢？在英国和荷兰，史威登堡顾问的著作在那里出版，人们都一笑置之，没有什么宗派产生。相反，你要是迫害他，禁止他的作品，肯定会有拥护他的人站出来。就我个人而言，我觉得他好笑，但不会反对他。我们有一位主教巴不得将整个哥德堡煽动起来，好将史威登堡的学说一劳永逸地连根拔起。这是正确的方式吗？”（哥德堡，1769年9月18日）

有位作者曾讲述这样一个故事。一个年轻人来到史威登堡的住所，意图行刺他。管家告诉他主人不在，年轻人不信，冲进花园寻找。“但是，神保佑了他。当年轻人冲进花园的时候，他的外衣被一颗钉子挂住了，无法脱身，匕首掉到了地上。年轻人窘迫之中担心自己的意图暴露，就匆匆忙忙地离开了。”

据说还有这样一段故事。史威登堡雇请的园丁及其妻子来到史威登堡的书房，穿着最好的衣服，管家眼里噙着泪水。史威登堡问发生了什么事，管家说他们想要离开。史威登堡非常惊讶，想不出有什么原因让他们如此突然地提出离开。

“人们说我们不应该继续服侍您，因为您不是一个中规中矩的基督徒，”园丁妻子说，“您从不参加聚会，您已经多年没去过圣马利亚教堂了。”

“你认为使教会成为圣所的是尖塔和铜顶吗？难道不是心中有基督的人才是圣洁的吗？使教会圣洁的是墙壁、风琴和讲台吗？”

“不是，先生。我们知道不是。”

“那好，在这房里，在那花园里，在任何地方，向众善之源的主祷告，那里就有他的教会。因此，我住的这里正是我得到保佑的地方。”

两位忠实的仆人低着头，听史威登堡认真地给他们解释信仰：爱是信仰的核心，外表的虔诚只是信仰的外壳。

“我的朋友，想想我在你们眼前的这么多年，然后决定我是不是基督徒。我交由你们判断，然后照你们所认为正确的去行。”

第二天，他们来到史威登堡跟前，穿着平常工作的衣服。“先生，我们找不到您有一句话、一件事与主的命令是不相符的。”

“但愿真能如此，”史威登堡说，“那你们会留下来，是吗？”

“是的，先生。”

“上帝一定是丢弃了我们，竟允许我们怀疑我们的顾问不是基督徒。”多年后，老太太讲完她的故事时，如此说道。